畳にとって、ホコリは大敵ですので、こまめに掃除をすることが大切です。
掃除機を使う場合は、畳表に傷がつかないよう編み目にそって、丁寧にかけます。静かに何度もかければ、たいていのホコリはとることができます。畳の清掃には、ほうきが一番適しています。その際、出がらしのお茶っ葉をアク抜きした後、ギュッとしぼり、畳に撒き、お茶っ葉と一緒にたたみの目にそってはきます。はいた後、乾いた雑巾で、から拭きを行います。

また、日差しの柔らかな春と秋には「畳干し」を行います。ホコリやダニの駆除になり衛生的に使用できます。ベランダに立てかけたり、場所が無い場合は畳床と床の間に空き缶などを入れて風を通すだけでも充分です。干す場合は4～5時間程度、畳表を日光に当てないよう裏返しにして行います。